結賬保存后，同時會把應付憑單的號碼回寫給進貨單。若進貨單上，結賬單號欄位內有結賬單好的話，此筆單據表明已經做過結賬單，是不能再任何修改動作。
解決應付賬款流程的三個難題
再簡單的流程也有可能遇到問題。在應付賬款流程實施過程中也同樣有些難點問題需要解決：
難題一：如何分批結賬？
以進貨單為例：若一張進貨單有1000只零件，但這個月結賬只結600只。此時結賬有兩種方式：一種是按項目，即根據進貨單具體的條目一條條結賬；另一種是整張結賬，即在應付憑證里不會列出進貨單的明細，而是列了一個總的金額。所以，在分批結賬時，要選按項目進行結賬。剩余的400只，在下個結賬期，仍然可以按進貨單生成應付憑單。
難題二：已經結賬也不付款。
在月底雖然已經結賬，但由于某種特殊原因，暫時決定不付款，即使到了付款期，也不付款。如：有批貨，本來應該是11月份到貨，但供應商10月份就已經到貨，按照會計要求，此筆帳在11月份必須做。若付款期為一個月的話，那本應該是12月份的貨款在11月份就要付掉，所以，系統只能采用凍結付款進行控制。
難題三：如何實現不同結賬日？
在實際工作中，不同公司對結賬日有不同的規定，甚至有些公司對不同供應商的結賬日規定也不相同。如有三張進貨單，分別為5號，19號，27號。首先，我們在供應商處可以設置供應商結賬日。如設置為0月25日結賬，則在按供應商結賬日自動生成應付憑單時，5號，19號兩張進貨單就會結賬；27號的進貨單不會結賬。若我們是統一結賬日，公司規定，所有供應商的結賬周期為1號至3號，則按統一結賬日自動生成應付憑單時，三張進貨單都會結賬。
在解決三個難題的過程中，要特別注意：
① 關于日期的控制。跟應付帳款有兩個相關的日期，是非常重要的：一個是應付現行年月，即做應付賬款交易實際發生的日子；二是關帳日期由系統控制，不能對關帳日期前的單據進行任何修改。
② 過帳之后，原始憑證無法修改。若要修改，要先沖帳，再修改。