ERP項目在實施過程中的難點是業務流程的重組。ERP工程必須從企業的整體組織再造和業務流程、工作流程的設計優化方面進行改革。除去重疊的和無效的、耗費人力、物力、財力的機構和崗位設置，減少不必要的環節、層次，重新進行整合，從而確保企業有一個科學、規范的業務流程和管理基礎，并在此基礎上對企業組織機構進行相應的重組，實現組織扁平化、小型化、網絡化管理，提高管理效率和對市場的快速反應能力。

企業業務流程重組是一項十分艱巨的任務，需要企業領導高度重視，更需要全體員工的配合支持，業務流程重組是ERP系統工程實施的基礎，同時也是電子商務發展的基礎。

ERP系統項目應用是一項高風險、高投入的工程，ERP項目實施的成功與否受企業內外環境等諸多條件的制約和影響，主要風險有設備選型風險、軟件風險、硬件風險、安全風險、交易風險、網絡技術風險等。特別要注意信息系統切換時可能出現的風險，切換成功與否直接影響著信息化實施的成敗，關系著能不能戰勝“混亂期”，規避陷阱問題，切換失敗而導致中途停頓，將造成不可挽回的損失。切換前一定要做好收銀員的試營業、收銀試運行的操作測試和業務流程的測試，對測試運行中的問題，無論大小都不能忽視。切換時一定要嚴格程序，扣緊環節，規范化操作，標準化管理，這是最基礎的工作。

看不到風險不行，害怕風險也不行，對風險必須有正確的認識和對策。機遇伴隨著挑戰，效益伴隨著風險。搞企業信息化，上ERP、電子商務系統會給企業帶來巨大的影響，能提升企業的核心競爭力，給企業帶來巨大收益，同時在這一過程中，難免會遇到前所未有的風險。因此，對實施中的風險不僅要敢于正視它，更要清醒地認識它，爭取最大限度地減少風險，使企業少受風險的侵害，使效益更加明顯。