ERP項目上線后，澄西船廠在市場預測分析、加強財務管理、合理組織生產、資源優化配置、壓縮生產周期、降低物料庫存方面確實看到了一定的效益，但是問題也接踵而來。

由于Oracle電子商務套件對財務方面要求比較苛刻，其不僅僅是以財務核算為目的，更多的是以預算性、計劃性為主，更強調計劃與執行結果之間的匹配關系。但在企業實際經營、管理過程中，這種匹配很難達到理想狀態，比如，澄西船廠最初上ERP時希望能夠在項目完成時立即能夠知道項目成本，但是，由于受客觀條件限制卻很難實現:首先，由于在管理機制方面，澄西船廠目前仍屬國有獨資企業，很多方面與先進的管理方法之間有所沖突;其次，澄西船廠沒有能運用ERP系統對整個供應鏈管理中的各相關環節和企業資源實行有效的規劃和控制，很多計劃由于受上游合作伙伴限制很難按期完成。而這些問題的根源在于當時整個社會缺乏對準時生產、準時制造、供應鏈管理以及ERP理論的認識與理解。

因此，2001年，澄西船廠對ERP系統中的財務模塊不得不進行重新選擇，經過對比、篩選，澄西船廠選擇了用友的財務軟件，用于財務核算，其基礎數據仍然由Oracle電子商務套件提供。

在生產制造模塊中存在同樣問題，由于Oracle電子商務套件的流程和業務模式已經相對成熟，而且固定，所以，澄西船廠采用了折衷的方法，通過手工與自主開發一些程序解決Oracle電子商務套件不能解決的問題，比如在生產過程中，加載工時、人力、材料成本等，以使管理更加深入、核算更加準確。

在人力資源方面，原有人力資源模塊由于只是為了配合項目管理，所以所上模塊比較簡單，隨著管理的不斷深入，原有系統對于很多工作都不能完成，達不到深入管理的目的。因此，澄西船廠后來實施了宏景世紀公司的人力資源軟件。澄西船廠信息中心主任孫友誼認為，Oracle的電子商務套件雖然“大而全”，但宏景世紀公司專業的人力資源軟件“小而精”。

澄西船廠信息中心主任孫友誼說，這種更換現象很好理解，Oracle的電子商務套件是針對各個行業開發的通用軟件，雖然成熟、完善，但并不是在每一個行業都非常適用，每一個行業都有其自己的特點，比如修造船行業與制造業相比，更側重于對項目的分析與管理，基礎數據相對要少得多，對基礎數據的整理、分析、挖掘價值也遠不如制造業企業大。而且項目一旦上線后，流程相對固定，不能隨意改動，當現有功能不能滿足企業需要時，企業就需要選擇更加適合的軟件搭配或者替換現有軟件。

澄西船廠信息中心主任孫友誼介紹，從2001年至2005年，澄西船廠一直在對系統進行優化，并調整企業管理結構與管理方式，以使業務流程與ERP系統達到最佳匹配，從而提升ERP系統的應用效果。孫友誼強調，“在這一過程中，既有對企業業務流程的優化，也有對ERP系統的調整，其根本方向是向著更加科學、更加規范的管理方向發展。”