3、業務過程重構困難

業務過程重構(BPR)被認為是繼全面質量管理運動后的第二次工商管理革命，這次管理革命的關鍵技術是重新融合被分離得支離破碎的企業流程。因此BPR被認為是對亞當·斯密(Adam Smith)分工理論的背叛。但是一個實施ERP的企業必須重構它的業務過程，從而與符合ERP思想和最佳實踐的業務過程一致。業務過程的重構一方面與企業文化沖突，另外重構也因沖突受到抑制。因此中小企業能否有效地進行業務過程的重構是成功實施ERP的基本保證。

影響中小企業業務過程重構的關鍵因素有兩個：一是企業自身進行重構的能力不足，業務過程重構需要時間、資金和領導層的持久力。二是企業的溝通能力不夠，甚至認為只要下命令就行，不需要與員工進行溝通。但是，BPR是對企業目前的企業文化、結構和業務過程進行重新設計，如果企業員工沒有充分了解BPR的目的，就會對今后自己的工作安排感到困惑，企業的高層領導和員工之間就不可能建立起信任感，這一切都將阻礙重構的進程。企業的管理者應當回答每一個員工的問題并且召開企業范圍的會議來制定能讓員工理解的策略。

還應注意的是，中小企業的長處是業務過程相對簡單、反應速度快，沒有理由因為實施了ERP系統而影響到它的彈性。很多中小企業進行了BPR、用了ERP系統之后業務過程變得復雜了，速度變慢了，這是錯誤的。進行BPR要因企業的情況而異，不是每個企業都一個做法。重構后的業務過程應當更簡潔、反應更快，否則為什么要進行BRP呢、要應用ERP呢？

4、人員培訓不足
ERP的實施離不開其主體——人，如果沒有一支高素質的管理隊伍，再先進的ERP也只能是空中樓閣。企業實施ERP過程中要對各層次人員進行不同的定向培訓，中小企業常常因為資金等問題忽略培訓的重要性，或者知識性培訓多，缺乏對技術/技能的培訓。
所謂技術/技能是指我們對知識的應用方法。想要有知識，必須去學習。然而，知識卻不是技術，因為技術強調的是用。要會用，不但要先知道（知識），還更要練習（技術）。上ERP項目也一樣，請了專家來講課，使得有知識的人多了，不管他們的知識足不足，可是有技術的人極少。需要進行不斷的培訓與實踐。
5、缺乏有效的項目管理
ERP系統的實施必然涉及到人們傳統觀念的轉變、機制的轉換、管理方法的改變、業務流程的重組、組織結構的調整、責權利的再分配、規章制度的建立健全、項目的可行性研究、項目的實施方法、軟件的功能、軟件和實施服務商的服務水平等一系列實際問題。從而使整個項目實施應用具有涉及面廣、難度大、周期長、系統復雜等特點。
中小企業在ERP實施過程中，由于企業本身人員的技術水平和項目管理經驗缺乏，常常造成工程投資突破預算，工期超過預定時間，工程質量差，難以建立必要、有效的溝通機制、項目管理混亂等問題的出現。而最關鍵的問題是缺乏一個現實的實施計劃和控制措施。如果計劃完成的時間很短、不現實，在壓力下實施小組匆忙行事，結果是軟件安裝完成了，其它都不到位。反之，如果實施周期拖得太長，人們會對實施ERP失去信心，使得士氣低落、阻力加大。
另外，通過定期召開項目進度會議，讓每個項目人員匯報項目進度和問題，以此來評估ERP項目進度的方法是不恰當的。其實，選擇一個合適的項目負責人更重要。在ERP項目規劃、實施中引入工程監理也是一種有效的方式。