實施上線過程
根據前期的規劃與調研，同濟堂ERP項目共分為二期，第一期包含應收管理子系統、應付管理子系統、自動分錄子系統、會計總帳子系統、存貨管理系統、采購管理系統、銷售管理系統、資產管理系統、工作流等模塊，主要解決銷售、采購、庫存、財務數據的準確性、及時性、共享性等問題以及各業務單據、報銷憑證走網上審批流程，實現無紙化辦公。第二期則包含產品結構管理、工藝管理等其他模塊，實現生產、成本、計劃等方面的全面管理。
2006年6月同濟堂ERP項目一期正式開始實施，在本項目的實施中，同濟堂全體人員極為重視，除了副總徐謙任組長，信息中心主任羅靜平任項目經理外，各相關業務部門的負責人、業務骨干均納入項目實施小組。做到各司其職，卻又相互配合，ERP項目實施成敗直接與業績考核掛鉤，充分調動了各部門實施和推進ERP的積極性。
ERP項目中前期的調研和咨詢是整個實施中尤其重要的程序，在實施初期神州數碼顧問與信息中心技術人員深入到每一個部門進行調研，詳細了解同濟堂的需求和問題，提出有針對性地解決方案。首先是庫存、批號的管理問題，同濟堂的庫存物資不算多，但因其行業特性對各種中成藥、中草藥、包裝材料都有嚴格的批號管理，在原來手工方式下，批號易出現人為錯誤，批號庫存不清的問題一直困擾著同濟堂。其次是銷售數據的統計，同濟堂營銷網絡遍布全國，信息分散無法共享和集成、信息傳遞方式落后，總部總是不能及時了解各地辦事處銷售及庫存情況，因此錯失商機時有發生。再次財務數據與業務數據核對困難，同濟堂使用了一套單獨的財務軟件，每月出報表可以，但沒有與業務單位集成，造成每月財務部門要花大量精力與業務部門進行對賬，數據量小時還可以完成，如今數據量大了，這幾乎已經成了一項不可能完成的任務。 經過調研，雙方一致認為當前主要應解決數據的集成性、及時性、準確性三大問題。
在經過前期調研和方案確定后，雙方的行動方案和目標更加明確。從流程整理、基礎數據準備、培訓、二次開發、模擬運行、正式上線一路走來，雖然中途也經歷過挫折、神州數碼和同濟堂的項目組也曾為一個問題的解決方法反復修改過或激烈的爭論過，但這些都無法阻止同濟堂ERP系統得成功上線，因為雙方都知道ERP系統的實施絕不是將企業現有的管理方式照搬到系統上去，ERP系統的實施必將給企業注入新的管理思想，帶來管理上的變革。
ERP帶來的效果
2006年10月同濟堂ERP項目一期正式上線，歷時4個月時間，實現了進銷存業務與財務的一體化管理，進銷存及應收、應付業務憑證完全通過自動生成，無需手工錄入。每月只要財務作完憑證，系統可以自動核對，方便快捷，使財務人員和業務人員有更多得時間投入到業務研究和管理中，從而提高了自身的業務水平。
在庫存管理方面，批號庫存準確率達到98%，庫存周轉率大幅提高，大大緩解了物資積壓的狀況，盤活了企業資金。
在銷售管理方面，同濟堂各辦事處的銷售數據能及時地進入系統，各種銷售分析數據如訂單利潤分析表、客戶銷貨明細表在銷售業務發生的當天就能反應出來，為企業的快速決策提供依據。
展望信息化未來
同濟堂ERP二期項目將于2007年2月正式啟動，同濟堂將實現采購、生產、銷售、財務、質檢等方面的全面管理，各單位數據將完全共享、相關的業務流程全部通過網上處理。不僅如此，目前同濟堂DCS系統正在實施，實施完畢后，將和易飛的工單\委外系統進行集成。屆時，同濟堂的信息化建設將深入到企業的每一個角落，這必將使同濟堂這家百年老字號在進入二十一世紀后，以信息化為企業管理做支撐，挺立于市場的潮頭。