ERP系統是一個集成的系統，通過業務流程實現不同子系統的數據相互傳遞，不僅包括部門內的、同一企業內部，也包括不同企業間的。同時可以通過網絡實現不同地域區的數據傳遞，于是在系統運行過程中也必須加強系統安全的控制。

1.服務器安全控制

主要考慮系統的容錯性和系統所具有的高執行效率，在成本可以接受的條件下，選用具有最高安全級別的容錯方案，保證系統永遠不會因磁盤故障而發生數據丟失或系統中斷，如果其中一個(組)硬盤發生故障，另外一個 (組)硬盤中的數據仍在維持系統的正常工作。同時還需要注意高的可讀性能。

2.登錄安全控制

為保證網絡系統可以進行全天候的運行，在設計網絡時，應當重視系統中的登錄服務，通過兩臺服務臺進行登錄權限控制，其中一臺為主控制器，另一臺作為軟備份，從而達到即使系統中一臺控制器發生故障，用戶也可以登錄系統進行日常工作的效果。對于系統中各類用戶的權限也是進行分級授權，從而使系統網絡安全潛在的不安全因素最小化。

3.數據庫安全控制

數據庫是企業應用的核心，數據庫安全是應當高度重視的主要課題，為保證數據庫的安全性，可以采用兩種措施來解除數據庫的潛在危險。一是通過數據同步復制，將數據分別寫入不同服務器系統，時刻保持數據庫系統中數據存在兩個完全一致的備份，當一臺數據庫服務器因故障中斷，系統管理員只要通過遠程管理或電子郵件告訴用戶，使用另一配置文件，就可連接到另一個數據庫系統，正常進行業務處理.這種同步復制由系統中后臺完成，用戶并沒有因此而產生等待。二是通過可擦寫光盤對系統數據庫和系統日志進行日備份，保證在人為或其他原因造成的數據不準時，可通過日備份進行即時恢復。

綜合所述，系統在試運行過程中會遇到各種各樣的干擾，我們應該在ERP系統運行前做好各項運行風險的識別與控制工作準備，為ERP系統持續安全運行減少風險隱患。