在企業供應鏈上，信息、物料、資金等要通過過程才能流動，過程決定了各種流的流速和流量。為了使企業的過程能夠預見并響應內外環境的變化，企業的過程必須保證資源的敏捷暢通。因此，要提高企業供應鏈管理的競爭力，必然要求企業過程的再造。對于B2B的電子商務，這個變革已不僅限于企業內部，而是要把供應鏈上的所有關系企業與部門都包括進來，是對整個供應鏈網絡上的企業過程再造。

B2B電子商務模式的有效實施，關鍵是供應鏈在企業內外是否有效銜接、企業內部供應鏈的信息系統是否與企業內部的業務系統如ERP、CRM等有機結合在一起。如果沒有好的ERP，企業就無法及時掌握自己各類原材料和成品的庫存情況以及采購到貨情況，網上訂單將得不到自動確認，必然會影響企業對市場的響應速度；如果沒有好的CRM，客戶要求和個性化服務無法得到有效及時的處理，必然會影響企業對最終用戶的響應速度；這樣供應鏈在企業內外不能有效銜接。要解決這個問題就必須對企業進行三個層次的企業過程再造（BPR）：職能機構內部的BPR、職能機構部門之間的BPR和企業與企業之間的BPR。

1、職能機構內部的BPR。企業手工業務處理流程必然存在很多重復或無效的業務處理環節，各職能管理機構重疊、中間層次多，而這些中間管理層一般只執行一些非創造性的統計、匯總、填表等工作，很多業務處理方式已不能適合計算機信息處理的要求。B2B的電子商務將企業整個經營各環節都放在網絡上進行，進行信息化管理，取消了許多中間層，必然帶來職能部門內部的BPR。

2、職能機構部門之間的BPR。企業要實現真正的電子商務，并不是只要實現了網上訂單、網上支付就可以了。如果只是這一段電子化了，而后續的采購、生產、庫存、訂單確認等供應鏈環節無法電子化，企業經營整體上還是體現不出效率提高及成本降低，這就要求企業內部各部門之間進行BPR，以實現全過程的信息化管理。

3、企業與企業之間的BPR。這個層次的BPR是目前企業流程重組的最高層次，也是B2B的電子商務有效實施的必要條件。由于供應鏈已經不再局限于企業內部，而是延伸到供應商和客戶，甚至供應商的供應商和客戶的客戶，使得管理人員控制企業的廣度和深度都在增加。供應鏈上各企業之間的信息交流大大增加，就要求企業之間必須保持業務過程的一致性，這就要求企業與企業之間必須進行BPR，以實現對整個供應鏈的有效管理。