信息安全，一般是指在信息采集、存儲、處理、傳播和運用過程中，信息的自由性、秘密性、完整性、共享性等都能得到良好保護的一種狀態。信息安全傳輸是指在網絡上傳遞的信息沒有被故意或偶然地非法授權泄漏、更改、破壞或是信息被非法系統辨認、控制，使網絡信息的保密性、完整性、可用性、可控性得到良好的保護狀態。

電子商務的安全問題包括通信網絡運行的安全、商業文書的信息安全、互聯網上支付的安全性等。電子商務通信網絡運行安全是要求通信網絡、通信設備和網控網管系統的安全。商業文書的信息安全是要保證電子商業文書信息的規范性、完整性、不可篡改性、不可否定性以及不可泄密性和合法性。互聯網上支付的安全性也是電子商務安全重要內容，既要保證在線支付萬無一失、及時準確，還要保證商品的傳遞和運送的安全性，要保證消費者訂購的物品按時、保質、保量送達指定的地點。

在我國，企業信息化程度還較低，大多數企業網站還沒有走入B2B應用層次。另外，技術上缺乏電子商務的統一標準和服務體系，中介組織沒有權威性和代表性等問題都使電子商務的發展受到影響。中國電子商務在其發展過程中遇到的一些困惑和問題，主要是由于人們對于電子商務的認識、要求和現有的市場機制等難以跟上網絡經濟前進步伐所導致，上述問題如不能及時有效地加以解決，勢必影響企業間電子商務的發展。