不確定性管理涉及規劃、決策制定、實施和監控，以保證日常操作能夠提供有效果的和有效率的預計結果。在電子商務領域，需要管理的主要不確定性包括：

·消費者的信心。電子商務獲得成功的一個主要障礙是消費者對安全性和個人隱私安全缺乏信心。獲得網站上的獨立的許可密封有助于管理這一不確定性。現在有很多企業可以提供這樣的許可密封；·與廣告商的關系。隨著網站的成熟，互聯網廣告在保證合適的客戶訪問正確的網站方面變的越來越重要。由于互聯網上的廣告費用持續增長，網站也逐漸需要將單獨核實的預計購買的觀眾數量和通信量統計數字提供給廣告商，這樣他們會自信他們的錢花得明智；·改變流程。研究表明，企業進行明顯修改的流程很少能夠完全成功，而許多都是一敗涂地。因此通過成功建立正確的企業驅動程序來管理修改程序自身的風險就成為關鍵。這些驅動程序包括設置正確的項目管理程序、結構和技術，也要建立正確的程序文化（通過高級管理層給團隊的信號）并保證企業的所有部門都是團結一致的；